Ve 4.25 začal útok na kostel. Skončil v 11 hodin dopoledne.
18. 6. 1942 ve 2.00 ráno vydal K. H. Frank rozkaz, aby se jednotky SS připravily k okamžitému zásahu proti neznámému počtu ukrytých parašutistů.
Ve 3.45 nastoupilo 740 mužů Waff en-SS do přistavených nákladních vozů v Norimberské, nyní Pařížské třídě.
V 4.15 měl být uzavřen vnitřní i vnější okruh okolo kostela sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici. Esesáci obsazují domy kolem kostela.
Ve 4.15 gestapo v čele s Heinzem Pannwitzem jde prohledat kostel. Jakmile se z kostela ozve střelba, začnou esesáci z protější školy pálit ze samopalů do chrámových oken.
Ve 4.30 do kostela vtrhne úderné komando SS.
Po 6.30 esesáci vynesli z kostela mrtvého Adolfa Opálku. Umírajícího Jana Kubiše a Josefa Bublíka odvezli do SS lazaretu v Podolí. Bublík zemřel cestou do nemocnice, Kubiš krátce po převozu.
V 6.41 gestapo telefonicky povolalo hasiče. Hasičský vůz s bouracím nářadím vyrazil ke kostelu o dvě minuty později.
Před 7.00 jsou parašutisté v kryptě vyzváni, aby se vzdali. Začíná boj o kryptu. Velitel hasičů Klouček tlumočí svým mužům rozkaz, že se krypta musí vytopit. Před desátou se podaří vytrhnout parašutistům žebřík a do krypty se začne valit voda.
Po 10.30 je odstřelena kamenná deska do krypty. Čtyři parašutisté, Josef Valčík, Josef Gabčík, Jaroslav Švarc a Jan Hrubý, se po boji zastřelí. Jejich těla vynesou esesáci před kostel.
