Sekora studoval v letech 1929-1931 soukromě u profesora Arnošta Hofbauera na Vysoké škole uměleckoprůmyslové v Praze. Působil jako sportovní referent a kreslíř v Lidových novinách, za okupace byl v letech 1944-1945 vězněn v pracovních táborech. Jeho spoluvězněm byl například herec Oldřich Nový.
Po druhé světové válce pracoval Sekora mimo jiné v redakcích Práce, Dikobrazu a Státního nakladatelství dětské knihy, kde řídil knižnici pro předškolní věk. Od roku 1952 se věnoval psaní a výtvarné a ilustrátorské práci na volné noze. V poválečných letech vstoupil do KSČ, v roce 1964 dostal titul zasloužilý umělec.
Velmi aktivně působil i v oblasti sportu. Byl zakladatelem prvních českých ragbyových klubů, trenérem i rozhodčím.
Ondřej Sekora zemřel 4. července 1967 v Praze.
