18. 6. 1942 ve 2:00 ráno vydal K. H. Frank rozkaz, aby se jednotky SS připravily k okamžitému zásahu proti neznámému počtu ukrytých parašutistů.
Ve 3:45 nastoupilo 740 mužů Waffen-SS do přistavených nákladních vozů v Norimberské, nyní Pařížské třídě.
V 4:15 měl být uzavřen vnitřní i vnější okruh okolo kostela sv. Cyrila a Metoděje v Resslově ulici. Esesáci obsazují domy kolem kostela.
Ve 4:15 vpadlo patnáct Němců do kostela z bytu kostelníka. Vyšetřovatel atentátu na Heydricha Heinz Pannwitz před sebou jako živý štít strkal spoutaného kaplana Vladimíra Petřka. Úředníci gestapa začali s prohlídkou kostela. Prohledání chrámové lodi gestapákům zabralo pět minut. Zjistili, že v kostele musí být krypta. Gestapo chtělo také zkontrolovat kůr a emporu. V okamžiku, kdy úředníci začali stoupat po schodech, Josef Bublík s Janem Kubišem, ukrytí za silnými sloupy ochozu, zahájili střelbu. Adolf Opálka bránil kůr. Příslušníci Waffen-SS začali do oken kostela střílet z budovy protější školy. Jako první utrpěl střelná poranění kriminální asistent Kurt Kahlo.
Ve 4:30 do kostela vtrhne úderné komando SS. Strhne se asi dvouhodinový boj.
Po 6:30 esesáci vynesli z kostela mrtvého Adolfa Opálku. Umírajícího Jana Kubiše a Josefa Bublíka odvezli do SS lazaretu v Podolí. Bublík zemřel cestou do nemocnice, Kubiš krátce po převozu.
V 6:41 gestapo telefonicky povolalo hasiče. Hasičský vůz s bouracím nářadím vyrazil ke kostelu o dvě minuty později.
Před 7:00 jsou muži v kryptě třikrát vyzváni, ať vyjdou ven. Poprvé odpoví: „Nikdy!“, podruhé: „Nikdy!“ a potřetí zvolají: „Češi se nevzdávají!“ Není jak parašutisty v boji muže proti muži porazit... Esesáci házejí okénkem do krypty granáty, slzný plyn a oslňují je reflektory. Přijíždí hasiči. Muži v kryptě hadice s vodou vyráží žebříkem a vyhazují ven i hořící láhve s lihem. Hasiči parašutistům vytrhávají žebřík. Po necelé hodině je v kryptě metr vody. Úderný oddíl dobrovolníků Waffen-SS se pokouší dostat dovnitř. Marně.
Po 10:30 je odstřelena kamenná deska do krypty. Čtyři parašutisté, Josef Valčík, Josef Gabčík, Jaroslav Švarc a Jan Hrubý, kteří nemají úniku, se po boji zastřelí. Jejich těla vynesou esesáci před kostel. Boj skončil.
