Od roku 1931 pražskou zoologickou zahradu zasáhly třikrát velké záplavy. První povodeň přišla devět let po otevření, tedy v roce 1940. Voda z tajícího sněhu tehdy zatopila zahradu do úrovně dnešní voliéry ibisů skalních. Největší katastrofa však přišla o mnoho let později. V srpnu 2002 téměř polovinu areálu pražské zoologické zahrady v Troji zaplavila voda a na některých místech byla hladina více než 10 metrů nad zemí. Celkem 134 zvířat povodeň nepřežilo. Nejvíce lidem pravděpodobně utkvěl příběh lachtaního samce Gastona, kterého Vltava odnesla až do Německa, kde bohužel uhynul na celkové vyčerpání.
Odstraňování přímých následků povodně ze srpna 2002 stálo celkem 85 milionů korun z provozních prostředků. Dalších 205 milionů si vyžádaly investice do rekonstrukce. Přesto, že velká voda se valila v roce 2002 celou zemí, na konto zoologické zahrady tehdy přicházely každý den prostředky od soukromých dárců, čímž získala více než 25 milionů korun.
Na začátku června 2013 přišla další povodňová rána; právě na toto období zavzpomínal ředitel zoo Miroslav Bobek.
„Na povodeň z roku 2013 vzpomínám - stejně jako mnozí kolegové ze Zoo Praha - častěji, než bych si přál. Neustále sledujeme předpovědi počasí a obáváme se, že se situace, která nastala před třemi lety, může kdykoli zopakovat,“ řekl pro reflex.cz Bobek.
Díky obrovskému a především nepřetržitému nasazení chovatelů se v roce 2013 podařilo během 12 hodin odvézt do bezpečí téměř všechna zvířata a většinu majetku. Všichni se snažili za každou cenu zabránit, aby se opakovala noční můra z roku 2002, kdy uhynul například pár hrošíků liberijských, gorilí samec Pong nebo také medvěd, lev a mnoho dalších zvířat.
„Nejhorší okamžik pro mne nastal, až když voda přestala stoupat, já vyšel na Zakázanku a rozhlédl se po zatopené spodní části areálu zoo. Nikomu bych podobné pocity zmaru a zklamání nepřál…,“ zavzpomínal na první červnový týden roku 2013 Miroslav Bobek.
Cíl zoo zůstává po povodních 2002 i 2013 stále stejný. Postavit pro gorily nový pavilon mimo záplavovou oblast.
